慢性乙肝病毒感染的过程就是与病毒斗争的过程，也是抗乙肝病毒免疫的发展过程，各人免疫发展的程度和速度不同，疾病的结局也有很大差异。
慢性乙肝病毒携带者约25%出现肝功能异常，发作为慢性乙型肝炎；约75%是稳定的慢性携带者。在“大三阳”的慢性携带者之中，大约每年有10%会自然转为“小三阳”；在“小三阳”的慢性携带者之中，大约每年有5%会自然清除“小三阳”；在全体慢性携带者之中，大约每年有2%～3%会自然清除病毒而最终恢复。
慢性携带状态的清除与年龄和性别相关：女性能较早清除携带；越年小的携带越稳定，年龄渐老的清除的渐多。小儿和少年因乙肝疫苗普种，感染已大幅度降低；当前成年人中约有10%是慢性乙肝携带者，而60岁以上的人不到5%。经过漫长岁月的乙肝病毒携带，逐渐发展了特异的抗病毒免疫，最终几乎都能清除病毒，所以慢性乙肝携带者不是终身感染。
