首先，要清楚所谓转基因食品就是移动动植物的基因并加以改变，制造出具备新特征的食品种类。而转基因大豆主要是把某些细菌的基因接入大豆的植株中，就可以更好地保护它们不受害虫的侵袭。因此转基因大豆的制品——转基因大豆油从营养成分含量和组成与非转基因大豆油几乎没有差别，也就致使油脂加工企业在这方面常常不做说明或避而不谈转基因大豆油的隐患。其次，要清楚转基因食品的确存在这以下五大隐患：
一是毒性问题。一些研究学者认为，对于基因的人工提炼和添加，可能在达到某些人们想达到的效果的同时，也增加和积聚了食物中原有的微量毒素。
二是过敏反应问题。对于一种食物过敏的人有时还会对一种以前他们不过敏的食物产生过敏。
三是是营养问题。科学家们认为外来基因会以一种人们目前还不甚了解的方式破坏食物中的营养成分。
四是对抗生素的抵抗作用。当科学家把一个外来基因加入到植物或细菌中去，这个基因会与别的基因连接在一起。人们在服用了这种改良食物后，食物会在人体内将抗药性基因传给致病的细菌，使人体产生抗药性。
五是对环境的威胁。在许多基因改良品种中包含有从杆菌中提取出来的细菌基因，这种基因会产生一种对昆虫和害虫有毒的蛋白质，生态学家们认为那些不在改良范围之内的其它物种有可能成为改良物种的受害者，生物学家们则担心为了培养一些更具优良特性，其特性很可能会通过花粉等媒介传播给野生物种。
