先天畸形的治疗方法从大方向来说主要有两种，一种是在孕期就对子宫里的宝宝进行治疗，另一种是出生之后再进行的治疗。
1.宫内治疗
胎儿镜手术主要应用于治疗双胎输血综合征或减胎术，用于治疗胎儿膈疝、脑脊膜膨出、泌尿道梗阻等。
2.产后治疗
如脑积水的脑室分流手术、唇腭裂的修补术、先天性心脏病的手术治疗、苯丙酮尿症的药物治疗等。
其实多数非致死性畸形不需要在孕期进行外科干预，如先天性心脏病等，可在出生后进行手术治疗，但部分先天畸形可能影响胎儿的宫内安危，需要在孕期进行干预，由于手术风险大、技术要求高，目前多数胎儿宫内治疗尚处于试验性阶段。
